Книга: Размышления о думающих машинах. Тьюринг. Компьютерное исчисление

ВИЗУАЛИЗАЦИЯ ДНК В JMOL

Jmol - Java-программа визуализации, с помощью которой можно увидеть трехмерные структуры химических соединений, кристаллов, материалов и биомолекул. Один из самых интересных примеров — молекула ДНК, ее можно поворачивать, увеличивать или уменьшать, менять тип изображения и так далее. ДНК — полимер, имеющий структуру двойной спирали из повторяющихся блоков, нуклеотидов — аденина (А), цитозина (С), гуанина (G) и тимина (Т). Нуклеотиды одной спирали составляют пары с нуклеотидами другой спирали: А с Т, G с С, определяя на каждой спирали последовательности — гены, в которых хранится биологическая информация, передаваемая из поколения в поколение.

Визуализатор Java Jmol.

Они могут деформироваться, растягиваться и даже превращаться в нейронные, мускульные или костные клетки. Этот комплекс трансформаций объясняют с помощью математического моделирования механических феноменов, наблюдаемых в клетках. Данную идею, так же как и модель Тьюринга, использующую дифференциальные уравнения, поддержали ученые Конрад Уоддингтон (1905-1975), Мюррей Гелл-Ман (р. 1929) и Брайн Гудвин (1931-2009).

После открытия ДНК и разработки алгоритма для изучения генетической информации с помощью компьютера появилась новая дисциплина — биоинформатика. Компьютер был и остается важным инструментом для изучения ДНК, но также с его помощью разработан новый класс компьютеров, изучение которых привело к выделению вычислительных систему использующих ДНК. В 1994 году Леонард Адлеман (р. 1945), осуществив ряд опытов с ДНК, решил задачу о гамильтоновом графе, состоящую в обнаружении кратчайшего маршрута, проходящего по каждому городу один раз. Количество городов является строго определенным — Адлеман рассмотрел случай с семью городами. Эти опыты открыли путь другим исследователям, среди них был и Эхуд Шапиро (р. 1955), построивший машину Тьюринга из молекулы ДНК.

Оглавление книги